Gereja - gereja di Indonesia secara organisasi tidak menapakkan kesatuannya, melainkan terdiri dari berbagai Gereja dari berbagai aliran faham atau denomisasi. Pada umumnya terdapat 4 kelompok Gereja Kristen di Indonesia. Gereja - gereja reformasi yang mengesa dalam persekutuan gereja - gereja di Indonesia (PGI; Gereja - gereja dan misi dengan berbagai latar belakang berbeda; dan Gereja - gereja aliran pentakosta.
Dari Gereja - gereja di timur tengah yang menyejarahkan sejak tahun 45 ditemukan bahwa telah ada pekerjaan gereja di Indonesia.
Pertentangan antara gereja barat yang berpusat di Roma dan gereja timur berpusat di Konstantinopel, ikut mewarnai sejarah gereja di Indonesia. Pada tahun 410 gereja di timur berdiri sendiri dengan pimpinan yang bergelar Katholikos. Keuskupan di persia kemudian dikenal dengan nama gereja suriah timur atau kaldea, kelak menjadi penganut setia ajaran Nestorian yang disebut gereja Nestorian.
Wilayah pengaruh gereja Nestorian itu meliputi Irak, Iran, Manchuria, Mongolia, Sri Langka, disebut pula Sumatera dan Jawa.
Sejak abad ke -X Sumatera dan Jawa disebut dalam kesatuan nama, yaitu Dabhagh ditulis Zabag atau Zabaj. Dalam perjalanan sejarah ditulis bahwa disana ada banyak gedung gereja dan biara Nasara atau Nasatariah. Disebut kota Fansyur atau Pancur - pelabuhan kota Barus pusat perdagangan di Sumatera Utara - perdagangan kapur barus (kampher) dengan Malabar India Selatan, Asia Timur ke Eropa, baik melalui jalan laut maupun jalan darat.
Sampai sekitar abad ke - VII, India Selatan menjadi markas kegiatan Injil Gereja Nestorian di Asia Selatan, ke Asia Tenggara dan Asia Timur termasuk ke Barus pusat perdagangan tertua di Sumatera. Sesudah abad ke - VII tidak terdapat berita tentang Nestorian di Barus. Diduga mereka berimigrasi ke Sriwijaya, ke pantai timur Sumatera yang berkembang sampai dengan tahun 1377. Ada dugaan mereka juga ke pedalaman wilayah kerajaan Pagaruyung dan Dharmacaya berkembang antara 1341 - 1541. Yang jelas, pusat keKristenan di Indonesia masa itu adalah di Malaka pada sekitar abad XV.
Tahun 1511 Malaka jatuh ke tangan Portugis, keuskupan Roma Katholik di Malaka diresmikan tahun 1958 dan Indonesia yakti :
- Ordo Fransiscan, Dominikan dan Yesuit. Dibantu oleh pemerintah Portugis Roma Katholik bekerja sampai ke Indonesia Timur (1512).
- 1522 Ordo Fransiscan menetap di Ternate, Ambon, Banda dengan membangun benteng - benteng, membabtis, berdagang dan melindungi orang Kristen pribumi (Benteng Sao Paulo dibangun di Ternate).
- 1534 Orang Portugis ke Halmahera. Pemberontakan Halmahera melawan Poertugis Pater Fransiscan yakni SImon Vas dibunuh 1536.
- Xaverius tiba di Ambon 14 Febuari 1546. pekerja di Maluku mulai aktif 1547 - 1605 setelah itu misi Katholik diganti dengan misi Protestan.
- Pekerjaan di Flores dan Solor 1556 sampai saat ini.
Sejak 19 Juni 1605 benteng Tidore direbut oleh Belanda yang Protestan dari negara Portugis yang Katholik sebagai akibat perang 80 tahun di Eropa antara Protestan melawan Katholik yang terbawa - bawa ke Indonesia saat itu. Sejak itu lha pengaruh Portugis maupun Spanyol di Indonesia makin surut, kecuali spanyol di FIlipina. Belanda dengan VOC nya dengan hak otoritas nya yang dibaharui tahun 1922 disamping tujuan perdagangan VOC juga menerima wewenang "melawan serta memberantas segala penyembahan berhala dan agama palsu ... memajukan Kerajaan Kristus". Misi Injil bertumpang tindih dengan kepentingan dagang dan kepentingan imperialisme asing. Terjadi perjanjian dengan raj - raja pribumi, antara lain perjanjian dengan Sultan Ternate. Ada bagian yang melarang seorang beragama islam bila menyeberang menjadi Kristen harus dikembalikan kepada penguasanya / ke agama asalnya. Bagian ini ditafsirkan larangan berpindah agama islam ke Kristen atau sebaliknya (asal mula kampung islam da kampung Kristen di Ambon dan Lease).
Ketatnya pengawasan pekabaran injil oleh pemerintah mengakibatkan pekabaran Injil hanya berlangsung di wilayah kekuasaan VOC pusatnya didua tempat, yakni di Ambon dan Jayakarta (Batavia).
Karena lebih diutamakan perdagangan dan kepentingan pemerintah Belanda di Hindia Belanda, kehidupan Gereja tidak sungguh sungguh diperhatikan pengembangnya. Tahun 1615 barulah ditempatkan seorang pendeta di Ambon, Tahun 1750 seorang pendeta di jemaat Semarang; tahun 1775 seorang pendeta jemaat Surabaya. Di Ujung Pandang Jemaat Protestan diadakan tahun 1679 ; di Bandaneira tahun 1621, menggarap pelayanan di Maluku Selatan dan Tenggara. Ternate menjadi pusat pelayanan Injil ke Manado, Siau, Sangir, dan Thalaut. Tahun 1675 Montanus menjadi pendeta I ditempatkan di Manado.
Pelayanan di Nusa Tenggara Timur lama terbengkalai, baru tahun 1670 seorang raja di Timor minta perlindungan pada VOC Raja dan rakyatnya dibabtis. Tahun 1701 didirikan sekolah Kristen pertama di Kupang dan penempatan pendeta di Kupang baru pada tahun 1753 / 1758.
Terdapat banyak masalah dibidang pekabaran injil, tata gereja pelayanan sakaramen (pemisahan baptisan dewasa dari perjamuan kudus). Masalah lain dibidang personalia para pekerja gereja, keadaan jemaat - jemaat yang memperhatinkan dan masalah hubungan gereja dan pemerintah jajahan (VOC).
Tahun 1799 VOC dibubarkan wilayah - wilayah seberang laut dan segala kekayaan perusahaan diserahkan kepada penguasa Bataafse Republik di Belanda. Indonesia berada dibawah kekuasaan gubernur jendral H. M. Daendels:
- Diadakan penataan baru Gereja Roma Katholik dan Lutheran serta diberi subsidi oleh pemerintah jajahan (Pernacis - Belanda);
- Monopoli Protestan Calvinis hampir berakhir.
- 1808 Daendels umumkan kebebasan beragama dan mengijinkan
badan - badan Pekabaran Injil bekerja di Indonesia. Keadaan ini berlangsung selama tahun 1811 - 1815, pemerintah inggris berkuasa tanpa adanya perubahan.
Seorang pendeta baru saja selesai memberitakan injil di desa sebelah. Dalam perjalanan pulang, karena hari sudah hampir malam, ia pun nekat untuk mengambil jalan pintas, melewati hutan belantara.
Saatnya TUHAN tidak pernah lagi bingung terhadap kemasan yang ada, mengingat waktu… tetapi yang TUHAN cari adalah pribadi yang siap menerima isi,... yaitu kehidupanmu, dari kehidupanmu TUHAN tidak mencari kemasan yang istimewa, bahkan yang tidak berguna.
